教改失敗責任誰該負？前總統李登輝曾受訪指出，李遠哲引介的美國式教育漏洞百出，認為李遠哲該為教改負全責。不過李遠哲在今天出版的首本傳記《李遠哲傳》揭露，教改失敗，是因時任總統李登輝根本沒用教改審議委員會的建議，只用當時教育部岡山電動床長吳京之見。
李遠哲在傳記中指出，1996年台灣首次舉行總統直選，李登輝在選前召見他，希望他同意選後出任行政院長，但李遠哲覺得自己是科學家，不適合從政，後來依蕭萬長建議，回醫療電動床補助覆李登輝「等選後若還需要我幫忙，我再幫忙」。
傳記中指出，選後李遠哲到總統府面賀李登輝，但感覺李登輝表情不大友善，而李登輝也如蕭萬長選前所料，未再邀李遠哲組閣。不過李登輝仍常諮詢李遠哲意見，曾問他教育部長換吳京合適否；李遠哲雖覺吳京才返國未久，並不適合，但李登輝最後仍用吳京，且竟屢次公開表示是李遠哲建議。
傳記中指出，不久中研院舉行院士會議，李登輝未出席，時任中研院院長的李遠哲感到李登輝已和自己拉長距離。他認為，這是因李登輝耳根子軟，相信別人挑撥，指李遠哲到美國時偷偷跟中共官員見面。
李遠哲在書中指出，他應時任行政院長連戰擔任教改審議委員會召集人，但1996年底，他將教改報告書交給行政院後，行政院根本就沒真心接受。1997年行政院長由蕭萬長接任，教改推動小組召集人換成章孝嚴，吳京在此時仍推動自己的教改政策，教改聯盟的理念根本沒人理。
直到1998年林清江接任教育部長後，讀到之前的「總統聽取教改資料」等文件，才赫然發現李登輝根本都只照吳京的想法實施教改，「我非常非常難過，李總統只聽取片面之詞，否定教改委員會兩年多的努力」。傳記並形容李遠哲有如「誤闖政治叢林的小白兔」。
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